國內前列腺癌大規(guī)?;蚪M分析
近日,海軍軍醫(yī)大學孫穎浩院士領銜,于《Nature》在線發(fā)表了文章,對208份中國原發(fā)性前列腺癌患者的腫瘤組織樣品進行研究,解除了一直以來的牽制,結果發(fā)現:41%的腫瘤包含FOXA1突變,18%含有ZNF292和CHD1缺失。
作者分析了來自中國的208例經歷前列腺癌根治術的原發(fā)性前列腺癌患者腫瘤組織,其中177份前列腺癌組織之前未經過治療可以用作健康組織對照研究進行綜合分析,通過對其的全基因組/轉錄組和DNA甲基化數據進行分析發(fā)現在前列腺癌中,拷貝數突變和DNA重組十分常見,經過與12個西方國家在內的世界其他地區(qū)的患者中發(fā)現的2,554例前列腺癌樣本相比,發(fā)現國人的PABPC1 和 YWHAZ擴增十分常見,而CHD1的缺失也比較多,這些拷貝數突變與12種癌癥相關通路有關。此外,作者的RNA-seq數據顯示檢測到382個基因-基因的融合,其中4種在之前的前列腺癌研究中有報道,73種在其他癌癥中有報道,剩余305種是這次新發(fā)現的, 與西方前列腺癌形成鮮明對比的是,西方特征性的ETS融合(占到53%)在中國前列腺癌中的頻率要低得多(9%)。
作者對國人基因組研究發(fā)現有83個顯著突變的基因,包括SPOP、FOXA1、KDM6A和ZMYM3,以及新的前列腺癌驅動基因,同時也發(fā)現相比于西方前列腺癌基因組數據,國人的前列腺癌組織細胞突變有多達625處顯著不同。其中FOXA1的異常引起了吸引了研究者的眼球,者是一種針對雄激素受體的先鋒因子,在前列腺癌的發(fā)生中具有明顯的作用,其突變與前列腺癌的不良預后有顯著關系,較低的FOXA1水平即使在雄激素受體高表達的情況下依舊有著積極的意義,FOXA1是中國前列腺癌數據中常見的突變(41%),而在西方患者數據中,這個值僅有4%, 相比與白種人前列腺癌樣本中FOXA1的全長均有突變幾率,來自中國的樣本中幾乎所有的突變都發(fā)生在熱點范圍內。該區(qū)域可能介導FOXA1-雄激素受體(AR)相互作用, 患者可能由于FOXA1調節(jié)AR信號來驅動腫瘤發(fā)生。近來的研究將FOXA1的突變與前列腺癌的相關性集中在其錯義與缺失中,作者也據此針對樣本中的FOXA1突變類型進行了具體分析,結果發(fā)現缺失發(fā)生的幾率更高。
為了補充對前列腺癌基因突變的分析,作者使用WGBS分析了中國前列腺癌中的DNA甲基化。作者運用TCGA探針首次聯合分析前列腺癌的全基因組遺傳突變和表觀突變率來研究DNA甲基化,符合預期的是相較于正常組織,前列腺癌組織的DNA甲基化程度較低。這種區(qū)別主要發(fā)生在外顯子,內含子和重復原件區(qū)域。Gleason分級大于6的低分化前列腺癌組織的部分DNA甲基化結構域(PMD)甲基化水平更低,而CpG島甲基化表型與PMD甲基化水平負相關。
繼2017年孫穎浩院士于Nature Medicine 和European Urology分別發(fā)表關于逆轉SPOP突變的前列腺癌患者的BET的抑制劑耐藥地研究以及神經發(fā)育密切相關的信號通路Axon Guidance在前列腺癌進展中發(fā)揮關鍵作用地研究之后,較前次3倍樣本量的本次全基因組分析研究更全面地完善了國人前列腺癌基因組分析藍圖,與白種人的ETS融合標志性特征不同,國人前列腺癌的ETS融合比較少見。同時這次研究將FOXA1突變拉回視野,該基因在國人前列腺癌突變中比重較大,但是針對這樣一個轉錄因子靶標,是難以用小分子抑制的,無藥可靶的困境能否突破?還看各位研究者的后續(xù)努力了。
參考文獻:Li, J., Xu, C., Lee, H.J. et al. A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations. Nature (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-0
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